南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的综合性水利科学研究机构；2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务，兼作水利部大坝安全管理中心、水利部水闸安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检验测试中心。

历经80年的发展，南京水科院已发展成为拥有40多个具有鲜明特色和优势的专业研究方向、在国内外具有重要影响的水利科研机构。现设水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利部农村电气化研究所、水利部南京水利水文自动化研究所、农村水利科学研究推广中心、生态环境研究中心、 海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心。承办并定期公开出版8种学术期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程实验基地、滁州水文实验基地和国家防汛抗旱总指挥部办公室防洪演练基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地。

南京水科院秉承“勤奋、严谨、求实、创新”的科研精神，坚持“科学、规范、诚信、卓越”的质量方针，组织开展重大科学技术问题研究，取得了一大批重要研究成果，以黄文熙院士、严恺院士、窦国仁院士、沈珠江院士、张建云院士等为代表的科技工作者为我国的水利、交通、能源的建设做出了重要贡献。自1978年全国科技大会至2015年底，南京水科院获得国家和省部级科技进步奖595项，其中国家级奖励77项。出版专著420多部，获国家发明和实用新型专利435项。

全院现有科研人员1300余人，其中中国工程院院士、英国皇家工程院外籍院士1名，国家有突出贡献中青年专家、“国家特支计划”百千万工程领军人才等国家和部省级人才70余名，具有高级以上职称670多人，是国家创新人才培养示范基地，荣获“全国专业技术人才先进集体”称号。南京水科院是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，现设有水利工程一级学科博士点及12个学科硕士点，设有水利工程博士后流动站，至今已培养博士、硕士研究生以及博士后600余人。

南京水科院已与80多个国家和地区的高等院校和科研院所建立了良好合作关系并拥有直接进出口权。